Tác dụng phụ bao gồm đầy hơi, ngứa và phát ban. Mặc dù không có nguy cơ gây tổn hại rõ ràng khi dùng trong thời kỳ mang thai, nên tránh dùng diloxanide trong 3 tháng đầu nếu có thể.

Diloxanide furoate không được khuyến cáo ở những phụ nữ đang cho con bú, và ở trẻ <2 tuổi.